南京市中医院，南京中医药大学第三附属医院，亦为南京市红十字中医医院，成立于1956年，坐落在闻名海内外的夫子庙秦淮河畔，是一所集医疗、教学、科研、预防、保健、康复为一体的设备先进、技术雄厚、专科齐全的三级甲等综合性中医医院。

医院占地面积19300平方米，医疗用房44000平方米，编制床位700张，年门诊量73万人次，出院病人1.8万人次。医院临床科室设置齐全，设有临床及医技科室37个，拥有一批中医特色鲜明、治疗效果突出的重点学科和专科。肛肠科为"十二五"国家卫生部临床重点专科，国家中医药管理局"十五"、"十一五"、"十二五"重点专科、重点学科；脑病科为国家中医药管理局"十二五"重点专科，"中医脑病学"为江苏省中医药重点学科。目前，医院有国家中医重点专科3个：肛肠科、脑病科、妇科；国家临床重点专科（中医专业）2个：肛肠科、临床药学；国家中医重点专科建设单位2个：肿瘤科、心血管病科；国家重点专科培育项目2个：护理学、临床药学；江苏省中医重点专科2个：骨伤科、针灸科；江苏省中医重点专科建设单位2个：老年病科、急诊科；南京市中医重点专科4个：脾胃病科、肾病科、内分泌科、养生康复科；南京市中医重点专科建设单位2个：肺病科、风湿科。医院还拥有江苏省中西医结合结直肠肿瘤诊疗中心、南京市中西医结合癌痛镇痛中心、盆底中心、炎性肠病诊疗平台、围绝经期综合症诊疗平台等相关疾病诊疗平台，设有中医药研究所、结直肠病研究所及南京市医学重点实验室。

民国初年，南京中医界筹备成立了"南京医学会"，当时登记的会员就超过200人。学会创设了四城医院分别位于城区四个方向。当时著名的医家有："三卿一石"，即朱子卿、武俊卿、随中卿和王小石，世人称之为四大名医。坐落在原江南贡院遗址上的南京市中医院真实见证了百年中医的历史、继承着金陵百年中医的文脉。1934年，在夫子庙成立了(民国)"首都警察厅医务所"，其后扩建为"首都警察医院"。1949年，更名为"南京公安医院"，1952年，改称南京直属医院，1956年，正式组建南京市中医院。悠久的历史，传世的医技，为百年金陵中医史册留下了无数悬壶济世的事迹，演绎着一个个妙手仁心的传奇。虽然百年前的国医馆、传习所不复存在，但它们培育出的一辈人却成为南京市中医院最早的基石和核心：张仲樑、濮青宇、傅宗翰、曹光普、丁泽民、谢昌仁……这些近代和现代赫赫有名的医生以及其传承人丁义江、李柏年、刘永年、洪宜成、张明德、徐卫义、张钟爱等为中医院植入了仁心仁术的灵魂，传承着金陵医脉。而其独特诊疗特色的金陵医脉也逐渐成为蕴涵着南京地区中医药宝贵的学术思想和经验，也是南京市文化和科技事业的珍贵财产之一。在金陵医脉大医者的传承之下，南京市中医院遵循中医药人才成长的规律，实施育人工程，致力于培养名医、名科、名院。医院拥有国家级名老中医药专家传承工作室5个，全国老中医药专家学术经验继承工作指导老师6人，省级名中医、名中西医结合专家8人，市级名中医、名中西医结合专家24人。现有高级卫技人员195人，其中教授、副教授及讲师231人，博士、硕士导师37人，江苏省有突出贡献的中青年专家4人、省"333工程"重点人才1人、省卫生厅"科教兴卫"工程医学重点人才1人、省中医药领军人才1人。

近年来，医院不断提高医疗设备现代化的推进速度，配备有全身螺旋CT、64排128层CT、核磁共振、计算机数字减影X线机（DSA）、数字化X线机（DR）、800mmA数字胃肠X线机、双能X线骨密度仪、血管彩色多普勒超声诊断仪、心腹两用彩色B超、腔内B超、全自动生化分析仪、电化学发光自动免疫分析仪、电子胃镜、电子肠镜、眼科准分子激光仪、超声乳化仪、超声刀、腹腔镜、骨科半导体激光刀、手术显微镜及影像系统、高压氧舱和血透机等现代化医疗设备。同时，医院配有中医远红外按摩理疗、盆腔炎中医治疗仪、电子灸治疗仪、中医康复脑循环治疗仪、中医定向透药治疗仪等中医特色设备。

随着医疗、教学、科研综合水平的不断提高，南京市中医院成为国家药物临床试验机构、南京中医药大学国际中医药教育实习培训基地、南京中医药大学国际针灸培训中心临床基地、江苏省中医类别全科医师培训基地、江苏省全科医师规范化培训基地、南京市中医药转化医学基地、南京市普外科临床医学中心等。现为中华中医药学会肛肠分会副会长单位，为江苏省中医脑病专业委员会、南京中医药学会、南京针灸学会的主任委员及挂靠单位。

目前，医院正面临新的发展机遇，南京市政府已开工建设占地100亩、建筑总面积30万㎡、床位1500床的南部新城医疗中心，预期2017年底完成搬迁。届时，现代化的南京市中医院将为全市人民的健康提供中医特色显著的综合性医疗、护理、康复及预防保健等诊疗一体化服务。